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Archive: Biology
January 10, 2012
生成的組み立ておもちゃ
まずはこの4種類のエレメントで実際に遊び始めました。
ブラウン大学工学部と視覚芸術学部で講師を務める Ian Gonsherが考案した Generative Construction Toy（生成的組み立ておもちゃ）は、レーザーカッターで切り出したはめ込み式のパーツを組み合わせて立体を作って遊ぶというもの。ティンカートイやレゴのオリジナル部品を作って遊ぶのに似ているが、こちらはもっと有機的な感じだ。どんどん勝手に部品を作って遊んで欲しいと奨励しているところが面白い。
レーザーカッターを持っているか、手で切り出す手間をいとわない人は、Ianのサイトから GCT outlinesをダウンロードして遊んでみてほしい。［ありがとう、Ian!］
- Adam Flaherty
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Jan 10, 2012 12:00 AM
3D printings, Biology, DIY Projects, Mods, Toys and Games, Woodworking |
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July 15, 2011
DNAもDIYの時代に：OpenPCR出荷開始
待ちに待ったOpenPCRキットの出荷が始まりました！ UPS が第一弾を集荷して、OpenPCRは5つの大陸の13の国々に向けて旅立っていきました。512ドルのOpenPCRキットには、すべての部品とツールときれいな解説書が入っています。組み立てに必要なのはドライバーのセットだけです。
PCRは、基本的にはDNAのコピー機です。寿司屋にまつわる噂を検証したり、HIVやH1N1などの病気を診断したり、自分のゲノムを調べたりといったDNAを扱う作業に使用します。PCR法を発明した人間は、1993年にノーベル賞を受賞しています。そしてこのOpenPCRは、世界初のオープンソースのPCRマシンなのです。
私はJoshといっしょに、4カ月以上かけてOpenPCRのプロトタイプを作りました。本当に楽しい日々でした。今年の5月には、Kickstarterのクレイジーな支援者の前にOpenPCRの最初のプロトタイプを発表して、158人が12,121ドルもの出資金を提供してくれました。それを元に、私たちは開発と製作を重ねて、信頼性の高い、いつでも故障せずに使えるマシンを完成させたのです。すごく大変だったけど。そうして今ようやく、発売にこぎ着けたというわけです。
OpenPCRは、研究所でも学校でもガレージでも使えるように設計されています。これを、科学好きな友だちに教えてあげてください。Facebookで「いいね」をください。なにか一言、感想をメールしてください。
OpenPCRの2つの「お初」
1. 512ドルで市販された最初の PCR マシン
大勢のお客さんが来て、口々にこう言っていきました。「なんてことだ。我々は1万ドルも払ったぞ。それにこーんなに大きいんだ（と冷蔵庫ぐらいに手を広げる）」今のPCRマシンはそんなに大きくありませんが、それでも、OpenPCRは世界でいちばん安くて、いちばん小さいと胸を張って言えます。
2. 初めてのArduino USBストレージ
Arduinoハッカーには大ニュースです。通常、Arduinoはシリアルポートだけで通信をします。その設定はけっこう面倒でした。私たちは、OpenPCRを接続するだけで、すぐに使えるようにしたかったのです。ではどう実現したか？ OpenPCRを接続すると、Arduinoは自分自身を「OpenPCR」という名前のUSBドライブとしてマウントします。コンピュータはそのファイルに書き込むことで、 OpenPCRに愛の言葉を渡します。Arduinoは、別のファイルに書き込むことでコンピュータに愛の言葉を返します。実装は大変でした。Arduinoに搭載されているチップの関係でサイズの制約も大きかったのですが、おかげでとても使いやすくなりました。また、シンプルなコンピュータインターフェイスを備える目的で、Adobe AirでMacとPCのどちらでも使えるアプリを作りました。OpenPCRはUSBでコンピュータにつなぐだけで使えます。OpenPCRアプリをダウンロードする以外は、とくに設定は必要ありません（JoshとXiaが奇跡を起こしてくれました）。
私たちの、バイオ技術の分野でのさらなるブレイクスルーに期待していただけますでしょうか。今回の経験から、私たちはPCRをはじめとするバイオ関係の装置について、たくさんのアイデアが生まれました。今、私たちは新会社を立ち上げ、情熱に溢れた新しい仲間を求めています。現在、私たちのハードルになっているのは、製造（機械エンジニアです！）、流通（セールスとマーケティング）、そして新しいハード、ソフト、バイオウェア、そして工業デザインです。あなたがもしサンフランシスコの湾岸地区にお住まいで、私たちが作るクレイジーな DNA 関連装置を一般の人たちに広めるという事業に参加したいという方は、 contact@openpcr.orgまでご一報ください。
この記事の筆者について：Tito JankowskiはMakeのゲスト市民科学者で作家。ゲル電気泳動や温度サイクルのためのオープンソースのツールを開発するなど、バイオ技術をより身近なものにする活動に従事。市民科学者によるガレージ・バイオ技術プロジェクトについて、もっと詳しいことを聞きたい方は、Titoに直接メールで質問してください。tito@openpcr.org
- Tito Jankowski
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Jul 15, 2011 01:00 AM
Arduino, Biology, DIY Projects, Electronics, Science |
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April 11, 2011
発光染料入りの餌で育ったカイコのカラフル繭
この色は天然のものだそうだ。シンガポールのIMRE（材料研究・工学研究所）Natalia Tansil博士とその研究チームが本質的に有色で発光生のシルクとして発表した。［CRAFTより］
- Sean Michael Ragan
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Apr 11, 2011 02:00 AM
Biology, Science, hacks |
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March 9, 2011
たぶん世界一小さい水槽
ロシアのミニチュア作家 Anatoly Konenkoが作ったこの3 x 2.4 x 1.4センチの水槽は、「世界一」ものの中ででも最高に楽しいものだ。The Daily Mailに英語の詳しい記事が出ている。［ありがとう、Alan Dove！］
訳者から：ガラスの水槽だそうだ。泳いでいるのはゼブラフィッシュの赤ちゃん。
- Sean Michael Ragan
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Mar 9, 2011 02:00 AM
Arts, Biology |
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February 14, 2011
サイボーグ・コンタクトレンズ
Smart contact lenses for health and head-up displays（健康管理機能とヘッドアップディスプレイを備えたスマートなコンタクトレンズ）New Scientistの記事より：
今度だれかに会ったときに、目玉をよーく観察しよう。瞳のまわりを極小回路が取り囲み、微少な光がちらちらを点滅しているのを発見して驚くかもしれない。このスマートコンタクトレンズは、視力矯正用ではない。糖尿病患者の血中糖度や緑内障の兆候を監視するためのもの。
またこのレンズは、視野に直接、画像を投影することもできるため、拡張現実のための、メガネやヘッドセットを使わない究極のヘッドアップディスプレイにもなる。このレンズは、目にやさしい透明素材と超小型電子技術の融合によって作られている。2008年、シアトルにあるワシントン大学のBabak Parvizが、このコンセプトの実証用試作品として赤色LEDをひとつだけ搭載したものを発表している。それと同じ技術を使って、今度は糖尿病を持つ人の血糖値を測定できるものを完成させた。涙に含まれる血糖値は、血中の血糖値に直接連動するため、指に針を刺さなくても、継続的に血糖値が計測できるのだと言う。Parviz が開発したシステムでは、レンズから患者本人が携帯する電子機器にデータが無線で送られる。これを見れば、より正確に血糖値を知ることができ、より正確な治療が可能になるという。
［Cool Huntingより］
- Becky Stern
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Feb 14, 2011 12:00 AM
Biology, Electronics, News from the Future |
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October 25, 2010
Flickrの写真からわかったクジラの記録的な大旅行
データはいたるところにある。熱心な市民科学者（citizen scientist）なら、目覚ましい発見をしなくたって、私たちが毎日その中を泳ぎ回っている未分析の公共のデータの海を知的に公開して結果を導き出す方法を会得することで「プロの科学者」に昇進できるのだ。The Boston Globeに掲載されたこの記事は、その素晴らしい一例だ。
写真共有サイトで旅行者が撮影したクジラの写真を徹底的に調査したメーン州出身の市民科学者が、メスのザトウクジラがブラジルからマダガスカルまで、記録的な6000マイル（約9700キロ）の旅を果たしたことを実証した。ナンバー1363のこのクジラの、生れ故郷から別の場所への驚くべき大移動は、観光旅行者がFlickrにアップした写真と、1970年代から研究者たちが集めてきた膨大な数のクジラの尾のライブラリーとが合体して実現したソーシャルネットワーク時代の科学的発見だ。
クジラ1363号の尾は、1999年、ブラジルにおいて研究者によって初めて登録された。その2年後、ノルウェー人のFreddy Johansenがマダガスカルの海岸にいる彼女を撮影した。2009年、Freddyは、このときの旅行の古いネガをスキャンして、自分のFlickrアカウントにアップした。すると、この1枚がメーン州ハンコックのGale McCulloughの目にとまった。彼は旅行者が撮影したクジラの写真を日ごろからモニターして、尾の照合を行っていたのだ。彼女の発見に関する記事のオンライン版前刷りが、今日、Biology Lettersに掲載された。［ありがとう、Alan Dove!］
- Sean Michael Ragan
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Oct 25, 2010 01:00 AM
Biology, Online, Science |
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September 1, 2010
本物そっくりキノコランプ
どう表現したらいいんだろう。このランプはGreat Mushroomingで知られる日本人クラフト作家の作品。ガラスで作ったキノコにLEDを埋め込み、流木の台に配置したもの。ちょいと目立つスイッチがある。これ以上なにも望むものはないね。［Inhabitatより］
- Sean Michael Ragan
訳者から：高野幸雄さんの作品。サイトはPCではFirefoxだとうまく表示できないみたい。IEならオッケー。すばらしー！
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Sep 1, 2010 02:00 AM
Arts, Biology, Electronics, Furniture, Made in Japan |
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August 20, 2010
Otypのバイオテックプロジェクト、Kickstarterで出資募集中
OtypのKyleとJamesとDavidは、生物学的に「Hello World」を書く方法を子供たちに教えるためのキットを開発した。彼らはこれを学校に配りたいと考えている。このキットでは、まず緑色に光るクラゲの遺伝子をバクテリアに埋め込み、バクテリアのコロニーを成長させる。これにより子供たちは、バイオテクノロジーのごく基本的な手法を学ぶことができ、しかも暗闇で光るバクテリアを使って絵や文字を書くという楽しみもある。デトロイトのMaker FaireではOtypの連中がその工程をデモっていた。KyleはMaker Faireの開催中に人々が作ったバクテリアの絵を集めたクールなポスターを作った。
Otypチームは、このキットをアメリカ中の公立学校に無料で配りたいと考えている。彼らはすでに Speak Science基金を創設して、Kickstarterでキット製造用の資金を集めている。より多くの子供たちの手にこのキットが渡るよう、みんなで協力しよう。目指すは、子供たちに科学の本を読ませるだけでなく、じっさいに「やらせる」ことだ。
Maker Faire DetroitのXconomyの記事でJamesは「高校生たちが本物の科学に触れる機会のあまりの少なさに愕然とした」と書いている。彼はDIY的視点から、それをどうにかしたいと考えた。そうしてOtypeチームは、このキットと、安価な実験用PCR装置の開発にとりかかった。
子供たちは、大学レベルの生物学の専門課程に進まない限り、生物学者たちがどのようにDNA関連の発明や発見をしているかを見る機会がありません。そのため、生物学者を目指さない子供たちは、この分野の科学がどんなにエキサイティングなものかを一生知らずに終わるのです。ほとんどの子供たちは、バイオテクノロジーがどう行われるかを教わることもありません。
これは、学校で科学と技術の実践教育を行うために必要なものの一例にすぎない。もっともっと多く、こうしたものが必要だ。Otypへの出資をどうか考えてほしい。子供たちの中に本物の科学を植えつける計画を実現させてほしい。出資金によっては、指定の学校にキットをプレゼントすることもできる。
- Dale Dougherty
訳者から：あくまでアメリカ国内のことですが、いい話だね。
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Aug 20, 2010 01:00 AM
Biology, Maker Faire |
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July 13, 2010
生命の系図の印刷用巨大データを公開
オースティンのテキサス大学、Hillis/Bull 研究室より。
この系図は、生命の系譜の中の約3000種からサンプリングした小サブユニットrRNA配列の分析から作られたものです。種は、現在手に入るものから選びましたが、主要なグループはなるべくすべてを含むよう努力しました。各グループからは、よく知られている種を、だいたい均等になるように選択しました（しかし、種によっては数に偏りがあります）。ここに名前が出ている種の数は、地球に存在しているとされる種の数の、ほぼ平方根になります（つまり、推定900万種のなかの3000種）。言い換えれば、公式に命名され記録されている170万種のなかの約0.18パーセントです。
非商用利用に限り無料で提供されている。1辺54インチ（約137センチ）以上で印刷するよう推奨している。
訳者から：ダウンロードできるファイルはPDFだけど、Adobe Readerから印刷するのは難しいかも。ボクは200dpiでPhotoshopに落としてポスター印刷した。どのくらいの大きさで印刷できるかはプリンターによって違います。
- Sean Michael Ragan
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Jul 13, 2010 12:00 AM
Biology, Imaging, Online, Science |
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July 5, 2010
OpenPCRプロジェクトが過熱（？）
先週紹介したOpenPCRプロジェクトの記事にKickstarterのリンクも付けておいたけど、それから1週間で、インターネットを通じた支持が集中して、目標出資額が一気に達成された。しかし、金曜日に問題が発生した。過熱した蓋によって、どうしても配管が燃えてしまうのだ。そこで、Tito JankowskiはO'Reilly Answersに助言を求めた。以下はOpenPCRブログからの抜粋。
OpenPCRの蓋の過熱問題について、O'Reilly Answersでの意見が大変に参考になりました。彼らは、すべての人にオープンで利用可能なDIY生物学ハードウェアを提供すると同時に、みんなの意見を設計に採り入れたいという考えもある。そこが、オープンハードウェアの真骨頂だ。蓋の過熱については、さんざん頭を悩ませてきましたが、いくつか素晴らしいアイデアをもらうことができました。
Evil Mad Scientist LabsのWindell Oskayは、表面が銅でヒーターの形をしたプリント基板を作ってはどうかと助言してくれました。すごいアイデアです。ぜひ試してみます。
- Adam Flaherty
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Jul 5, 2010 12:00 AM
Biology, DIY Projects, Education, Science |
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June 29, 2010
オープンソースのホームDNAコピー機
Tito JankowskiとJosh PerfettoはMaker FaireでOpenPCRのプロトタイプを披露していた。PCRとは、ポリメラーゼ連鎖反応のこと。DNAの複製に応用される。ごく少量のDNA（細胞1個でもいい）の特定の範囲を指数関数的に増やして、最初の分子の最大で2の30乗個のコピーを作る。そうしてできたものを使えば「自分の遺伝子を調べたり、DNAコードをハックしたり、バイオ燃料を作ったり、庭に生えている木が本当にトラフラの木かどうかを確かめる」といったことが可能になるとTitoとJoshは話してくれた。彼らはOpenPCRプリンターの開発とキットの販売に向けて、 Kickstarterを利用して出資金を集めている。これが実現すれば、自宅のガレージやハッカースペースやコミュニティーで、デスクトップPCRが400ドル以下で可能となる。
上のビデオはJeri Ellsworthが撮影したものだ。Maker Faire会場なのでかなりやかましいが、彼らのプロジェクトについて詳しく語られている。うれしいことに、現在、出資金は目標の6000ドルの半分程度に達している。
OpenPCR - open source biotech on your desktop（Kickstarterのページ）
OpenPCR（プロジェクトのページ）
- Gareth Branwyn
訳者から：芽キャベツがまずいと感じる人と、おいしいと感じる人は遺伝子の違いでわかるんだって。ほっぺたの裏の唾液に混じっている細胞からコピーできるそうだ。
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Jun 29, 2010 12:00 AM
Biology, Open source hardware |
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June 4, 2010
人工DNAから初めて生命を複製
もしかして歴史的なニュース。著名な生物科学企業家 クレイグ・ヴェンターが（Wikipedia）科学界が待ち望んでいた生命の複製に成功した。5月20日に発表された米国科学振興協会「サイエンス」誌の記事は、生物化学史上もっとも重要なものになるかもしれない。
1.08-Mbpのマイコプラズマ・ミコイデス JCVI-syn1.0 ゲノムの設計、合成、組み立てに成功したことを報告します。ゲノム配列情報のデジタル化から、マイコプラズマ・カプリコルム受容細胞への移植を経て、合成染色体のみに支配される新しいマイコプラズマ・ミコイデスを作り出しました。この細胞に含まれる唯一のDNAは、DNA合成によって作られたものであり、「ウォーターマーク」配列の組み込みや、人工的な遺伝子除去、多形化、変形が組み立て段階で可能です。この新しい細胞には、表現型性質が期待され、継続的な自己複製が可能です。
元になった細胞は完全な合成ではないが、DNAは合成だ。だから、まったく生物以外のものから生命を生み出すみたいな、有機化学の究極の実現というわけではないが、大きな一歩だ。［Boing Boingより］
- Sean Michael Ragan
訳者から：遺伝子工学の論文、むずかしー！ 間違ってたらゴメンね。
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Jun 4, 2010 01:00 AM
Biology, Chemistry, Science |
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April 13, 2010
Make: バイオスフィア -- 3年目に突入！
2007年3月、Makeのインターンの2人がお友だちの巻き貝といっしょに沼エビ君をビンに閉じ込めた。スタッフたちは、ほんの3時間ほどの滞在のつもりでいた。もとい、90日間のバイオスフィア冒険旅行となるはずだった。
昨日、16時35秒56に、我らの小さな実験は3年目に突入した。そして、なんともうれしいことに沼エビのジョージ君は健在で、彼だけの生態系の中で幸せに暮らしている。この記事は Make英語版 Vol.10（日本語版では、Vol.04の116ページ）に掲載された。そこでは、エビは密封したビンの中で3カ月ほど生きられるだろうと書いたけど、3年とは上出来だ。これはきっちり祝うべきだ。
この3年間で水が少し濁ってきた。エビが脱皮して、新しい外骨格が成長するまでの数週間、貝がらのおうちに隠れてしまうことが何度かあったが、そのときはちょっと心配だった。しかし、彼が閉じこもっている間に、KQEDのテレビ番組、QuestのHow-toの回に出演することになり、ちょいとお行儀の悪い小学生たちに、ビンをシェイクされたりひっくり返されたりもした。また、少なくとも2回、Maker Faireのために出張もしている。
ジョージ君を買った熱帯魚屋の否定論者の諸君には、こう言ってやりたい。「ジョージは生きてるよ」とね。そして、この記事を読んで、自分のジョージ君を育ててみたいと思ったあなたには、こう言おう。Maker ShedでMakeを買ってねと。そして今すぐ、始めてほしい。
こちらもどうぞ：
誕生日おめでとう！ 甲殻バイオノート君！
- Shawn Connally
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Apr 13, 2010 12:00 AM
Biology, DIY Projects, Education, Intern's Corner, Kids, Maker Faire, Maker Shed Store, Science |
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March 24, 2010
How-To: ラジコンヘリでクジラの潮を集める
先日、クジラの骨の病気を研究するための検体を採取する方法について、みんなのアイデアを募集したんだけど、アマチュアのクジラ病理学研究者がこんなにいたとは、知らなかった！
ともかく、みなさんご承知のとおり......知ってると思うけど......、野生のクジラの血液を、クジラを傷つけたり殺したりせずに採取するのは、ものすごく難しい。しかし、子供でもわかることだけど、生きたクジラの血液の次に有用な検体はクジラの潮（英語ではsnot＝鼻水）だ。クジラが息を吐くときに一緒に吹き出されるから、これなら簡単だ。
- まずクジラを見つける。
- クジラの噴気孔の上にシャーレを保持して、潮を採取する。
- 研究室に持ち帰って調べる。
現実にはステップ2がいちばん難しい。手こぎのボートに乗ってクジラの群れに近づいて、容器を掲げて待つという方法をすぐに思い浮かべるだろうが、これは想像以上に危険な行為だ。毎年、何百万という科学者がこの方法を試して命を落としている。太平洋岸の砂浜には、いたるところに科学者たちの白骨が散らばっているのだ。
ロンドン動物学協会のDr. Karina Acevedo-Whitehouseを見てほしい。動物保護に関する彼女の最新の報告書がある（要約はこちら（英語））。「野生のクジラの疾病調査のための画期的な非侵襲性ツールと保護活動におけるその妥当性」という魅力的なタイトルだ。模型のラジコンヘリにシャーレをぶら下げてクジラの潮を採取するという方法を紹介している。この革命的な方法は、クジラの病気への理解をより深めるばかりでなく、多くのクジラの命を救うことができる。これによって、Dr. Acevedo-Whitehouseは、今年の（イグ） ノーベル賞候補間違いなしだ。
追伸： Dr. Acevedo-Whitehouse 様、あなたの業績は素晴らしい。まだ一度も会ったことがないし、これから会うこともないだろうけど、心の底から愛してます。
- Sean Michael Ragan
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Mar 24, 2010 12:00 AM
Biology, Green, Science |
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March 11, 2010
Project Noah: 生命体と生息域のネットワーク
Project Noah（プロジェクトノア）は、自然を愛する人々が家の周りの生物を観察して記録できるフリーのモバイルアプリケーションだ。各地の市民科学者の力を結集できるよう、共通の技術プラットフォームを提供している。Noahは、Networked organisms and habitatsの頭字語だ。
現在、iTunesのiPhoneアプリ ［iTunes link］で世界中で手に入る。Project Noahが目指すのは、世界の生物を記録するための共通モバイルプラットフォームになることだ。このiPhoneアプリを使えば、現在行われている市民科学者による調査プロジェクトに参加でき、いくつかのミッションに従って活動できる。またこのアプリを地域ごとのフィールドガイドとして使うこともできる。参加者は、調査報告の取りまとめを行うオンラインコミュニティーに接続される。
このプロジェクトは最近注目を集めており、Council for the Internet of Things、IBM's Smarter Planet、GOODなどでも取り上げられた。また、これを教育ツールとして役立てようと、学校との予備実験が行われるようになった。
- Peter Horvath
［原文］
Posted by Tetsuo Kanai |
Mar 11, 2010 12:00 AM
Biology, Cellphones, Mobile, Science, iPhone |
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Tetsuo Kanai
Takumi Funada
Hideo Tamura
